Ústav se věnuje výzkumu ovocných plodin, které se pěstují na území České republiky jako tržní kultury.

Historie Výzkumného a šlechtitelského ústavu ovocnářského začíná rokem 1951, kdy v rámci reorganizace Ovocnicko–vinařského ústavu v Praze a Ovocnického ústavu v Průhonicích byla jednotlivá zahradnická odvětví rozdělena do samostatných ústavů.